Ну теоретически, может запороть область EEPROM из-за перезагрузки в неудачный момент. Однако таких случаев известно не было, хотя память для явы увеличивали многие (в частности чтобы получше работала Opera).
Я думаю что если возвращать к дефолтным и перезагружать телефон - то проблем не будет.
А вообще, была стоковая параллельная ветка прошивок, где штатно для явы было 3мб (вместо 1.4мб) ОЗУ… Самсунговцы несколько раз в релиз выпускали то одну то другую ветку прошивки.