Не знаю, поможет ли, но я сделал так. Взял любой jar-файл, распаковал WinRar-ом, кликнул правой кнопкой мыши на MANIFEST и выбрал "Открыть с помощью...". Затем "Выбрать программу", выбрал "Блокнот" и (!!!) поставил галочку "Использовать её для всех файлов такого типа". Это я сделал всего один раз. Теперь открываю любой jar-файл, который мне надо изменить, открываю WinRar-ом, двойным кликом открываю MANIFEST, меняю что надо и закрываю. Тут же вопрос в "Блокноте" - "Сохранить изменения?" - "Да", и сразу же "Файл MANIFEST.MF был изменён. Хотите обновить его в архиве" - "Да". И никаких ошибок и всего прочего...